Alors que le procès de Baltar s'approche de son issue, des membres clés de la flotte découvrent qu'ils pourraient faire partie des Cinq Derniers Cylons. Tigh tente de déchiffrer une musique qu'il entend dans sa tête, pendant que la flotte rencontre les Cylons.

  Le témoignage au procès de Baltar menace la stabilité même de la flotte. Lee aide Romo Lampkin dans la défense de l'ancien président. Certains commencent à croire que Baltar est divin. Au procès, le Colonel Tigh est appelé à la barre et parle de la mort de sa femme Ellen sur New Caprica.

  Lorsque les représentants de Baltar manquent de se faire assassiner, Adama demande à Lee de protéger son avocat. Il accepte mais cherche ensuite à contribuer à la défense de l'ancien président.

  Kara continue de rêver de Leoben Conoy et du mandala qu'elle a peint à son vieil appartement sur Caprica. Lors d'une patrouille en Viper, elle rencontre un Raider Cylon. Comme Tryol ne peut pas vérifier que le vaisseau a bien heurté le Viper, ainsi que le prétend Kara, Adama et Lee commencent à se poser des questions sur sa santé mentale.

  Lors d'une dispute parmi les ouvriers, Tyrol demande des conseils à Baltar en prison. Seelix s'engage dans la lutte lorsqu'on refuse qu'elle s'inscrive comme apprentie pilote.

  Le chef Tyrol et sa femme Cally sont piégés dans un sas défectueux. Adama se souvient de son épouse décédée Carolanne lorsqu'il célèbre son anniversaire de mariage. Sa relation avec la présidente Roslin devient de plus en plus personnelle.

Les Sagittarons prétendent que le docteur les discriminent. Alors qu'Helo enquête, il découvrent que celui-ci pourrait bien tuer ses patients. Pendant ce temps, Athena amène à contre-coeur Hera au docteur pour qu'il la soigne.

  Désormais à bord du Galactica, Baltar est accusé de trahison. Il réfléchit au suicide avec l'aide de Numéro Six. Des questions demeurent quant à sa véritable identité. Est-il un Cylon ? Apollo montre le nouveau bar du Galactica, le "Bar de Joe", à Tyrol. Il pense à Kara et se demande si son mariage avec Dualla vaut la peine d'être sauvé.

  D'Anna échaffaude un plan pour accéder au Temple des Cinq avant Adama. Athena demande à Helo de l'aider à sauver Hera. Sur la planète aux algues, Apollo ordonne à Dualla de quitter sa position de défense pour aller sauver Kara. Anders aide Apollo à retenir l'avancée du centurion cylon. Une autre copy D'Anna trouve le Temple et continue de chercher l'identité des Cinq derniers Cylons.

  Le Chef Tyrol trouve le Temple des Cinq sur la planète aux algues. Le temple pourrait bien renfermer l'Oeil de Jupiter, qui, selon la prophétie, montre le chemin vers la Terre. Les Cylons également sont très intéressés par cette découverte. Athena apprend que son bébé, Hera, serait encore en vie. Lee demande à Anders de l'aider à constituer un soutien civil pour protéger l'Oeil. Ses relations avec Kara compliquent tout.

  La flotte coloniale est en manque de nourriture, car les machines censées répartir les réserves est contaminée. Kat joue un rôle vital dans le succès ou l'échec du "Passage" à travers l'espace.

  Adama organise un tournoi de boxe sur le Galactica pour aider l'équipe à se détendre. L'ambiance de compétition donne lieu à un match brutal entre Kara et Lee. Des flashbacks de New Caprica révèle la nature et l'origine de leur dispute.

  Une personne du passé d'Adama revient le hanter. Son retour suscite des questions à propos de la raison pour laquelle les Cylons ont lancé leur première attaque contre les Douze Colonies.

  Apollo met au point un plan qui menace l'existence-même de la culture cylone. Adama et Roslin doivent décider s'ils le suivent, bien qu'il implique l'utilisation d'une arme biologique. D'Anna Biers croit que Baltar sait qui a créé le virus qui a infecté et anéanti le vaisseau cylon. Elle veut prendre des mesures extrêmes pour découvrir la vérité.

  La rumination de sentiments de rage amène Saul Tigh et Kara Thrace à causer des problèmes à bord du Galactica entre les survivants de New Caprica et ceux qui sont restés avec la flotte pendant l'Occupation. En aidant les Cylons à rester en vie, Baltar découvre des détails sur leur civilisation. Pendant ce temps, un vaisseau cylon, envoyé en exploration près de la nébuleuse, est victime d'une étrange maladie.

  Tyrol participe au Cercle, un tribunal secret sur le Galactica qui décide du sort des collaborateurs et les condamne, ou non, à être éjectés dans l'espace. La peine de mort, administrée sans que Roslin ou Adama ne le sache, commence à peser sur la conscience de Tyrol. Baltar doit faire face à un jury similaire du côté des Cylons qui doivent déterminer s'il peut rester avec eux ou non.

  L'équipage du Galactica et les insurgés sur Nouvelle Caprica coordonnent leurs attaques pour renverser l'occupation cylon. Alors que les Cylons perdent le contrôle de la situation, ils envisagent une solution radicale au problème humain.

  Les Cylons deviennent de plus en plus violents dans leur lutte contre la résistance humaine. Devant l'urgence de la situation, l'amiral Adama doit lancer son attaque plus tôt qu'il n'espérait. Mais un plus grand problème lui vient de son propre fils, Lee, qui refuse de lancer le Pegasus dans cette attaque suicide.

  Suite aux attentats suicides contre les Cylons, deux cents personnes suspectées d'être de la résistance sont raflées et emmenées pour être exécutées. Parmi elles, Laura Roslin et Tom Zarek. Pendant ce temps, le Galactica a établi un contact avec Nouvelle Caprica et y envoie Sharon Valerii en mission.

  Titre original : "Occupation" (N° 34) Les Cylons occupent maintenant Nouvelle Caprica depuis quatre mois et toujours aucun signe du Battlestar Galactica et du reste de la Flotte. Mais la lutte est loin d'être terminée. Alors que sur Nouvelle Caprica la résistance s'organise, l'Amiral Adama s'évertue à planifier une attaque pour secourir tous ceux qu'il a laissé tomber.

  Synopsis : Puissants robots, les Cylons règnent en maître sur l'univers. A bord du dernier vaisseau de guerre, le Galactica, des humains tentent de survivre en entreprenant le voyage de la dernière chance : trouver une légendaire planète appelée la Terre.